杀菌锅设备采用就地化学清洗清洗时不要拆卸机件。清洗的目的是清除热交换盘管壁上的积垢，以改善热交换效果，提高设备能力，在一般情况下，连续使用6～8小时，需要清洗一次在特殊情况下，如当发现生产能力显著降低时，应立即进行清洗。
化学清洗程序介绍：
1、水洗：当物料行将结束时，即用水清洗，以排除残余物料，同时更有利于下一步的清水液清洗，当设备流出的水变清时，水洗可停止。
2、碱洗：在贮槽中将苛性钠（烧碱NaOH）配制成2%浓度碱性洗涤液，加热至80℃，循环约30分钟。碱液能溶解蛋白质、乳脂肪并使积垢发泡松散。如积垢比较严重，可适当提高溶液的浓度。
3、水洗：排除碱液后用水冲洗约15分钟。
4、酸洗：将硝酸（HNO3）配制成2%浓度的酸性洗涤剂加热至80℃，循环约30分钟。
5、水洗：排除酸液后用水冲洗约15分钟，以防再生产时物料受到残留酸液的污染。冲洗完毕，应清水注满，以备下次操作。
洗涤需要注意事项：
1、在洗涤过程中，切勿使用氯化物配制洗涤剂。
2、清水要求含氯量小于50mg/L，水质较差地区、洗涤时必须将水净化。