设备运行一段时间后锅内可能会产生水垢或生锈，影响杀菌效果，导致杀菌不完全，一般每三个月要清洗一次，如水质硬度较高，使用频率每天超过8小时，则每月应清洗一次。

    水垢为钙、镁离子caco3,mgco3为碱性物质，一般用酸进行清洗，请注意不要用盐酸，因氯离子会腐蚀对不锈钢304、316等，以前一般均采用硝酸但要考虑安全与环保的问题，现在锅炉行业都采用缓蚀性缓冲液除垢剂，为多种混合化学配制，对金属的腐蚀性较低，每个城市都能买到，价格也不贵，除垢的效果不错，唯除垢时间比较长，不及酸性除垢那么快，但对金属的腐蚀性很低，为此建议用草酸。

清洗方法:①清洗采用手控状态。如锅体油污较多，其方法为先用1~2%的烧碱(氢氧化钠溶液) 75°~80°循环15~30分钟。再用清水循环5分钟。②用1~3%草酸溶液在80°~85°循环40~60分钟，用水循环5分钟。③洗涤液浓度与时间根据污染油污及水垢程度调节。④对杀菌锅上容易结垢的零部件如全水式杀菌锅的汽水混合器、蒸汽及冷却水管道过滤器滤芯或过滤网，因其结垢的可能性最大因此清洗后最好拆下再检查清理一次或要定期更换。⑤如锅体油污较少，则可直接用酸性洗涤剂。