1、杀菌效果：由于立式杀菌锅利用蒸汽对食品进行杀菌处理，因此温度和压力相对稳定，进一步保障了杀菌的效果。而卧式杀菌锅由于加热方式和管道结构的不同，温度和压力可能会存在波动。

2、操作便捷性：由于立式杀菌锅的结构简单，操作便捷，适合小型企业和个体户使用。而卧式杀菌锅的结构相对复杂，需要进行更多的操作和调试，适合中大型企业使用。

3、节能环保性：由于立式杀菌锅利用U型管或管线圈进行蒸汽传导，因此能耗和能源利用效率相对较高，更加节能环保。而卧式杀菌锅虽然采用了热交换器方式进行加热，但由于结构相对复杂，热损失和能耗也相对较大。

综上所述，立式杀菌锅和卧式杀菌锅在结构、杀菌效果、操作便捷性、节能环保性等方面存在差异。在选择使用时，应该根据实际情况进行综合考虑，选择最适合自己的杀菌锅。